1.增值税一般纳税人没有实际收入，但有进项税。 如果公司申请零税率申报，则该公司未扣除的进项税额将在到期日之后不扣除；
2.虽然可以在实现利润后弥补亏损，但如果企业申请零税率申报，将无法弥补，对企业产生税收影响；
3.有收入但无应纳税额的企业，申请零税率申报的，是虚假的税收申报，应当承担罚款，行政处罚等不利后果；
4.企业具有当期应纳税所得额，但申请零税率申报是逃税行为。 主管税务机关将依法追征税款并处以税收行政处罚；
5.对公司违规的零税申报将降低公司的信用等级，并将其纳入对风险纳税人的重点监控中。
